La manovra finanziaria del Governo approvata con il decreto legge n.78/2010, in vigore dal 31 maggio 2010 è in dirittura d’arrivo dopo l’approvazione con il voto di fiducia del Senato. La Camera dei Deputati entro luglio dovrebbe completare l’approvazione nello stesso testo votato dal Senato. Rispetto all’originario testo del decreto legge il Governo ha presentato un max emendamento dove sono state apportate rilevanti modifiche, tra cui una norma che riguarda il finanziamento del fondo d'istituto.
 Infatti, l’art.4 della manovra finanziaria nella versione approvata dal senato prevede che il pagamento dei compensi accessori a favore del personale docente ed ATA sarà corrisposto dal tesoro congiuntamente al pagamento dello stipendio , fatta eccezione per il personale supplente breve nominato dai dirigenti scolastici, le cui competenze fisse, all'infuori dei casi di cui all'articolo 2, comma 5, del decreto legge 7 settembre 2007, n. 147, convertito con integrazioni e modificazioni dalla legge 25 ottobre 2007, n. 176, continuano ad essere pagate a carico del  bilancio delle scuole.
Le scuole  avranno il fondo d’istituto virtuale in quanto saranno private della disponibilità finanziaria per pagare i compensi  al personale e quindi, saranno privati della possibilità di poter fare  quelle anticipazioni di cassa che in questi ultimi anni a causa dei ritardi nei finanziamenti si sono spesso resi necessarie.
La legge prevede che il Ministro con proprio decreto all'inizio di ogni anno viene stabilisca per ciascuna istituzione scolastica la dotazione finanziaria a valere sugli stanziamenti concernenti le competenze accessorie dovute al personale, entro i cui limiti le istituzioni programmano le conseguenti attività.
Le istituzioni scolastiche quindi continuano a programmare le attività attraverso la contrattazione integrativa d’istituto e nei confronti  di coloro che maturano il diritto a percepire i compensi non procedono più al pagamento ma spediscono un ordine di pagamento alla direzione provinciale del Tesoro.
La  dotazione finanziaria sarà definita   in relazione ai criteri stabiliti dagli accordi sindacali intervenuti in sede di contrattazione collettiva integrativa.
E’ anche prevista la modifica del regolamento di contabilità scolastica di cui al Decreto n.44/2001 per adeguarlo alle mutate esigenze contabili con l’intervento congiunto del Ministero dell’Istruzione e del Ministro dell'economia e delle finanze.